Столица АТО Гагаузия - крупнейший по численности населения город, важнейший транспортный узел, политический, экономический, культурный и научный центр Гагаузской автономии. Комрат находится в центральной части Буджакской степи, на реке Ялпуг. Административный центр Комратского района. Комрат обладает особым статусом в административном делении Молдавии — он является муниципием.
Первые официальные упоминания о Комрате датируются 1789 годом. Комрат был основан колонистами-переселенцами из Османской империи: болгарами, гагаузами (имевшими в то время болгарское этническое самосознание), греками, евреями и людьми других национальностей.
В 1812 году Бессарабия (вместе с Комратом) вошла в состав России. В 1819 году в Комрат прибыла вторая волна переселенцев из Османской империи. В конце XX века были найдены книги регистрации актов гражданского состояния населения Комрата, датируемые 1819 годом. Приходскую канцелярию вёл на румынском языке священник Василе Томеску.
В 1820 году был основан Комратский кафедральный собор Св. Иоанна. В 1860-х годах в Комрате работал болгарский учитель-подвижник Павел Калянджи. По его инициативе было основано Комратское централное училище, где преподавание велось на болгарском языке — подобно ранее созданной Болградской гимназии. В 1862 Калянджи стал директором Комратского училища. В его стенах два года проучился Александр Теодоров-Балан.
В 1906 году крестьяне села Комрат Бендерского уезда начали борьбу за раздел помещичьих земель, арестовали чиновников местной власти и провозгласили Комратскую республику, которая просуществовала всего 5 дней. Это восстание было подавлено царскими войсками.
Необычна история создания в Комрате женской гимназии. Местный богач Г. И. Цанко-Кыльчик и земский начальник Максим Колибаба в 1910 году заключили пари о том, что последний лично скосит 8 га овса, — и за это помещик даст денег на лицей для девочек. Пари выиграл местный глава. За благотворительное дело Цанко-Кыльчик был награждён орденом Св. Анны 3-ей степени и стал потомственным почётным гражданином Комрата.
18 июня 1913 года в Комрате закончилось строительство телефонной станции. При сельских правлениях открыты 8 телефонных пунктов.
Комрат входил в состав Румынии с 1918 по 1940 год. В 1920-х гг. в Комрате основан лицей имени господаря Дмитрия Кантемира. В 1932 году Комрат впервые получил герб. Он представлял собой щит, увенчанный серебряной короной с тремя башнями, а в центре был изображён «вольный конь» (без седла и узды).
Комрат (вместе со всей Гагаузией) был присоединён к СССР и включён в состав Молдавской ССР в 1940 году. Оккупирован румынскими и немецкими войсками с 1941 по 1944 год.
13 сентября 1957 года в результате объединения сёл Старый и Новый Комрат был образован город Комрат. Позже в черту города был включён посёлок при одноимённой железнодорожной станции.
Во времена МССР в городе функционировали заводы: маслодельный, винодельческий, железобетонных изделий; работало производство безворсовых ковров с молдавским национальным орнаментом.
В 1995 году, по решению населения Гагаузии, Комрат стал столицей Гагаузской автономии.