Основной задачей Главного управления финансов Гагаузии является обеспечение проведения налогово-бюджетной политики государства, организация разработки, утверждения и исполнения бюджета АТО Гагаузия.
Главное управление финансов действует под руководством начальника, который несет личную ответственность за выполнение функций управления.
В составе Главного управления финансов сформированы подразделения в виде отделов и служб. Каждый отдел и служба выполняют определённые функции и задачи: